十年前笔者读博士，为了做QTL定位，花了两年时间，做了四百多个标记，十万个SSR数据点。跑PCR及大板PAGE胶之辛苦十年之后仍历历在目。
最近几年，国内各大实验室逐渐开始过度到SNP标记，纷纷购入高端设备，大有不做SNP都不好意思出来混的架势。
那么相比SSR，SNP是不是更“高级”呢？请看笔者说来：
PCR技术实用化之前，早期的分子标记做起来比做SSR苦逼的多，又是杂交、转膜又是同位素又是胶片曝光冲洗，做一次没个三五天影子都看不到。PCR技术实用后，扩增DNA变得异常简单，按理来说做分子标记可以很简单了，但是这个时候，测序技术还是处在第一代阶段（Sanger测序法），获取生物的基因组序列非常昂贵，所以连设计个普通引物的参考序列都很难找。为了解决基因组研究的根本问题，多个国家合作，花了16年时间，终于在2000年完成了第一个人类基因组的测序，而第一个水稻基因组则到了2004年才完成（日本晴和9311）。
拿到了第一个参考基因组，并不代表做分子标记容易多少了。做标记得知道DNA多态性，一个参考序列没有多态性信息，怎么办？
于是SSR出来救场。SSR是简单重复序列，例如ATATATATATAT，CTCTCTCTCT这类，就像人说话结巴一样，一个词（重复单元，motif）重复很多次。而且和人说话结巴一样，DNA结巴了也容易犯错，复制的时候多说一个或者少说一个词（重复单元）很常见。在SSR区域，DNA插入缺失复制错误（InDel）特别容易产生，SSR成为了多态性热点区域代名词。所以在DNA序列缺乏的年代，大家都喜欢用SSR。
一个SSR位点最多能够有几十种等位基因型，信息量非常丰富，人的身份鉴定，只用13~16个STR(SSR)就能把全世界70亿人区分。SSR做起来也简单，一对普通引物进行PCR扩增，电泳分辨长度差异就行。
但是SSR的缺点也比较明显。一是基因组分布不够丰富，做图位克隆精细定位，SSR肯定就不够用。另外一个就是需要跑电泳进行检测，流程较复杂，耗时较长，影响检测通量。
于是SNP标记出现了。SNP基因组内分布广泛，比SSR至少高一个数量级，也可以像SSR一样做共显性。但是在21世纪之前，SNP检测还是非常麻烦的。因为SNP没有长度多态性，所以不能直接用电泳检测（虽然有人用非变性胶跑，但可靠性不好），酶切法虽然可以产生长度多态性，但是又是PCR又是酶切的又是电泳，很显然比SSR还复杂。
大家到处想办法，到了21世纪初，SNP的检测方法就已经不下30种。直到Taqman出现，SNP检测总算有了一个简单高效的高通量办法。PCR做完连PCR板都不用拿出来，扫描荧光，就能直接分辨SNP等位基因型了。
Taqman出现不算晚，距今X。但这X里，在农业领域，尤其是在我国农业领域很少应用。原因有两个，一个是太贵，另外就是没有足够的DNA序列去找可用的SNP位点。
先说序列的问题。自从DNA被证实是遗传物质之后，尤其是密码子规律被发现，中心法则提出，大家就一直在绞尽脑汁想办法测序。直到Sanger老爷子登场，测序才算是开始进入寻常百姓家。
Sanger老爷子是个测序大牛，两次获得诺贝尔奖都是因为测序，一次是蛋白质测序，一次是DNA测序。DNASanger测序法出现之前，已经有了化学降解DNA测序，不过没有办法实现自动化，极度难搞。Sanger法采用双脱氧核苷酸（ddNTP）进行随机终止DNA合成，再用电泳分辨测序。后来大家把四种ddNTP加上四种荧光，测序扩增完后放在毛细管电泳仪里进行全自动电泳检测，就产生了现在大家普遍看到的DNA测序荧光峰图，DNA测序终于可以自动化了。
不过测序还是通量太低。于是另一个大神出现了——JonathanRothberg。
JonathanRothberg开创了第二代测序技术（边合成边测序），发明了两种二代测序方法（焦磷酸测序法和COMS质子测定测序法），分别成立了454和IonTorrent测序公司，后来分别高价卖给了罗氏和赛默飞。虽然这两种技术在市场表现都远不如Illumina的Solexa技术，但绝对是诺奖级别的开拓性技术。
二代测序技术在近十年爆发，通量急速上升，价格则X落体下降。这个时候找个SNP就是分分钟的事，终于不用为找SNP发愁了。
可是Taqman虽然好用，但合成一对定制的荧光探针那是超级贵，早期一条得花好几千软妹币，一对没五千还拿不下来，到现在最便宜都还得近1千块钱，还不能100%保证好用。咱们这些干农业的，瞅着兜里那点碎银子，也只能羡慕医学的土豪在那“高端大气上档次”。
干农业的穷人们正在眼巴巴羡慕别人的时候。英国有一家Kbioscience的小公司正在用分子信标配合等位基因特异扩增法（ASP）做SNP检测服务。这个办法使用普通引物，不用定制合成荧光探针，所以标记开发成本很低。Kbioscience做着做着来了灵感，改良了荧光信标，申请了个专利叫KASP，再捣鼓了个ASP能力很好的DNA聚合酶，结果越做越好。于是被另一家做服务的英国公司LGC看上，2012年被其X并将KASP推向市场，从此之后在农业领域攻城略地。
KASP进入中国后，走得是高端大气上档次路线，试剂耗材及检测设备都超过了一般实验室的承受能力，但是为了早日用上这个好用的工具，大家还是愿意砸锅卖铁买买买，大有不求最好，但求最贵的气势。
可是，做SNP检测就必须用“高级货”吗？难道SNP生来就是“高级”的？
前文已经说过，SSR相比SNP，有等位基因丰富的优势，人类身份鉴定选择的STR位点，其信息量平均7倍于SNP。从这一点来说，SSR更“高级”。SSR检测也不是不可以用“高端大气上档次”的设备，全自动荧光毛细管电泳仪3730XL一台价值人民币三百万，跑一板电泳试剂耗材得上百元！可见SSR花起钱来并不LOW。
那么做SNP到底有没有平民路线？答案当然是肯定的！
采用终点荧光信号检测SNP的技术，不管是Taqman、KASP、Invader还是现在国产的PARMS，都可以用兼容SвS规格的荧光扫描设备检测，也就说能放进96孔或者384孔板，且能读取荧光强度的设备就行。当然如果是滤光片系统，需要配备FAM/HEX/ROX三色对应的滤光片，光栅系统则调至对应的波长即可。而荧光酶标仪以及大部分荧光定量PCR完全可以实现这个功能，并不是专有的“SNP检测设备”才能做。
SNP检测获得的三色荧光信号，采用FAM/ROX及HEX/ROX比值作为坐标值，做散点图并聚类就可以进SNP等位基因自动分型，因而用简单到用Excel就能进行数据分析，并不是必须用“高端”软件才能做。当然Excel并不是太方便，所以笔者为大家准备了SNPdecoder这个在线数据分析软件，大家可以在www.snpway.com登陆使用。
一个有SSR分子标记基础的实验室，花十几万买个酶标仪基本就可以顺利转换到SNP标记技术，或者直接用现有的定量PCR系统。如果觉得通量水平不够用，买一台手动或者半自动96道移液工作站，外加384的PCR系统，就是一个低成本高通量的解决方案。满打满算，一个平台也就三十万不到，不到一台“高端”设备的钱，耗材也可以用国产“低端”货，不用被老外收智商税。
从这一点说来，SNP本来就不是“高级货”，土八路一样可以玩得转。
